Das Gemeindegebiet von Bolken war schon sehr früh bewohnt, was durch Siedlungsspuren aus dem Neolithikum auf der Insel im Inkwilersee nachgewiesen werden konnte. Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes erfolgte erst 1429 unter dem Namen Bollikon. Später erschienen die Bezeichnungen Bollikofen (1465), Bolliken (1469) und Bolckhen (1584).
Der Ortsname geht auf den althochdeutschen Personennamen Bollo zurück. Mit der Namensendung -ken (eigentlich ein Zusammenzug von -igkofen) bedeutet er soviel wie bei den Höfen der Leute des Bollo, wobei so genannte Aussiedlerhöfe gemeint sind.

Im Mittelalter unterstand Bolken der Herrschaft Aeschi. Diese gelangte 1466 an Solothurn und wurde der Vogtei Kriegstetten zugeteilt. Nach dem Zusammenbruch des Ancien Régime (1798) gehörte Bolken während der Helvetik zum Distrikt Biberist und ab 1803 zum Bezirk Kriegstetten, der 1988 offiziell in Bezirk Wasseramt umbenannt wurde.
Bolken besitzt keine eigene Kirche; es gehört seit 1684 zur Pfarrei Aeschi.